Nato in Germania, Werner Aisslinger inizia la propria attività collaborando come freelance presso grossi studi già affermati, come quelli avviati da Jasper Morrison, Ron Arad e de Lucchi. Nel 1993 fonda il proprio studio con sede a Berlino.

È stato più volte vincitore del premio 'Il Compasso d’Oro' e di altri importanti premi europei ed è autore di pezzi iconici che fanno parte delle collezioni permanenti del MoMa, del Vitra Design Museum e del Metropolitan di New York.

Convinto che il design debba fondamentalmente essere un mezzo per esplorare materiali e tecnologie, si concentra sull'utilizzo sperimentale di nuovi elementi materici, come vetroresina, gel, schiume di alluminio, neoprene e tessuti tridimensionali.

Il frutto di questa ricerca trova una rappresentazione nella serie di poltroncine girevoli Juli, disegnate da Aisslinger per Cappellini nelle versioni Juli Comfort, Juli Plastic e Juli Soft e il divano Hobo Contract.

A tutt'oggi è impegnato in collaborazioni continuative per Zanotta, Porro e Magisprogetta.